[ Foro de Python ]

Traducir secuencias con Biopython

24-Dec-2017 12:13
Invitado (OtakuRPG)
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Buenos dias

Recien estoy comenzando a utilizar Biopython y estoy intentando hacer una traduccion de una secuencia de DNA. Comenzando por el hecho de no poder hacer parsing de los archivos FASTA intento pegar una secuencia en varias lineas usando el object Seq y me da este error al usar el method Trasnlate:

>>> mysec
Seq('CGTAACAAGGTTTCCGTAGGTGAACCTGCGGAAGGATCATTGATGAGACCGTGG...CGC', IUPACAmbiguousDNA())
>>> mysec.translate()
Traceback (most recent call last):
 File "<stdin>", line 1, in <module>
 File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Seq.py", line 1105, in translate
   cds, gap=gap)
 File "C:\Python27\lib\site-packages\Bio\Seq.py", line 2338, in _translate_str
   "Codon '{0}' is invalid".format(codon))
Bio.Data.CodonTable.TranslationError: Codon 'G
A' is invalid


Agradeceria muchisimo si alguien pudiera ayudarme




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